Il "panta rei" nel cancro della mammella: l'evoluzione cronologica dell'espressione genica durante la progressione del microambiente tumorale nel cancro della mammella microinvasivo

Una delle principali caratteristiche dei tumori è quella di svilupparsi attraverso una progressione di vari stadi. E’ ormai noto che il cancro è caratterizzato da un accumulo nelle cellule di alterazioni genetiche. Ogni cellula del microambiente tumorale è costantemente in evoluzione durante il flusso della progressione tumorale. A tal proposito, sono stati identificati vari geni, nei modelli sperimentali, che promuovono la progressione. Resta, però, ancora poco nota l’associazione tra alterazione dell’espressione genica e alterazione a livello fenotipico con riguardo verso l’aggressività e il potenziale di migrazione delle cellule tumorali. Perciò investigare la correlazione genotipo-fenotipo diventa fondamentale per capire il complesso processo di progressione e di invasione. Tutti i tumori hanno bisogno dello stroma per soddisfare i loro bisogni nutrizionali, strutturali e di rimozione dei rifiuti. E’ ormai chiaro che lo stroma sia essenziale per il mantenimento del tumore e per la sua crescita e che abbia un potenziale enorme come target terapeutico. In questa tesi vogliamo osservare l’evoluzione cronologica dei cambiamenti dell’espresione genica a livello della struttura del microambiente tumorale nel cancro della mammella microinvasivo. Abbiamo eseguito RNA-seq (tecnologia Ion Proton) su tre tumori alla mammella microinvasivi. Per ognuno abbiamo microdissecato 7 diverse porzioni del tumore (circa 200 cellule), 4 relative all’epitelio e 3 allo stroma. Le regioni sono state selezionate sulla base del loro grado di progressione. Quindi l’epitelio è stato cronologicamente diviso in: epitelio mammario normale (NBE), carcinoma in situ (CIS), digitazioni invasive iniziali (emerging invasive fingers, EIF) e tumore mammario invasivo (IBC). Per ognuna delle suddivisioni dell’epitelio mammario abbiamo microdissecato lo stroma (S) adiacente, eccetto per la porzione in situ: S-NBE, S-EIF e S-IBC. L’analisi dell’intero trascrittoma di ogni regione microdissecata ha mostrato varie differenze a livello di espressione genica tra epitelio tumorale mammario e lo stroma. Il dendogramma mostra una perfetta organizzazione delle varie porzioni dei gruppi, esattamente in linea con le caratteristiche biologiche. Analizzando con FunRich i geni significativi (p